De Kapelse Moer vormt samen met de aan de andere kant van het kanaal door Zuid-Beveland gelegen Yerseke moer een authentiek laaggelegen stuk oudland. Het is een holbollig met greppeltjes doorsneden mozaieklandschap van akkertjes, weilandjes, kleinschalige bosjes en struweel. Het staat onder invloed van zoutwaterkwel vanuit het kanaal en kent daardoor een heel specifieke flora.

Voor vogels is de Kapelse Moer in het voorjaar belangrijk voor weidevogels als grutto en kievit. Daarnaast broeden er typische boerenlandsoorten als veldleeuwerik, gele kwikstaart en graspieper. In herfst en winter is het van groot belang voor soms vele duizenden grauwe, kol- en rietganzen en brandganzen. Dan jagen er slechtvalk en smelleken.
Botanisch is het gebied erg waardevol door zijn vele "zilte" planten.