De Oostkerk was de eerste kerk die de Middelburgse protestanten voor zichzelf bouwden; meestal werden katholieke kerken geconfisqueerd, maar in het nieuwe oostelijke deel van Middelburg was zo'n kerk niet voorhanden. 
De bevolking van Middelburg moest meebetalen aan de bouw van de kerk door een extra belasting op wijn en bier. De inwoners verzetten zich echter tegen deze belasting en het stadsbestuur besloot de maatregel terug te draaien en een vrijwillige bijdrage van de Middelburgers te vragen. Deze bijdrage leverde echter te weinig op en dus werd de extra belasting opnieuw ingesteld.

Na 350 jaar een belangrijke rol te hebben vervuld in het leven van velen persoonlijk en in de stad Middelburg, is de Oostkerk op 8 januari 2017 gesloten voor kerkelijk gebruik. Met pijn in het hart is de Protestantse Gemeente Middelburg tot dit besluit gekomen. De wijkgemeente Oostkerk is met de wijkgemeenten Morgenster, Centrum, Hoeksteen en Hofpleinkerk opgegaan in de Nieuwe Kerkgemeente.

Voor zondagse erediensten kunt u terecht in de Nieuwe Kerk, elke zondag om 10.00 uur, en in de overige vierplekken van de Nieuwe Kerkgemeente.